自闭症的危害首先也最明显的表现为沟通能力的缺失，自闭症患者语言发展迟缓和有障碍，说话内容，速度，及音调异常。对语言理解和非语言沟通有不同程度的困难。甚至欠缺口语沟通的能力。
智力异常。70%左右的智力落后，不过也有10%智力超常20%智力正常；感觉异常如痛觉迟钝、对某些声音或图像特别的恐惧或喜好等；多数患儿有多动注意力分散发脾气攻击自伤等常见行为。小儿患了自闭症，不能很好地注意事物的细节部分；重复刻板行为，专注力差，思考方式较简单；不能有组织及有次序地完成工作和某项任务；小儿自闭症若不及时治疗，还会有并发症发生。
自闭症还会造成患者处事行为能力的缺失，在日常生活中，自闭症患者坚持某些行事方式和程序，拒绝改变习惯和常规，并且不断重复一些动作；自闭症儿童兴趣狭窄，会极度专着于某些物件，或对物件的某些部分或某些特定形状的物体特别感兴趣。
自闭症的危害还表现在社交能力的缺失，自闭症患者对外界事物不感兴趣，不大察觉别人的存在；他们与人缺乏目光接触，不能主动与人交往，分享或参与活动；在群处时，模仿力较弱，想象力较弱，极少通过玩具进行象征性的游戏活动，不能掌握社交技巧，缺乏合作性。
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