对于留守儿童而言，多数时间还总是是在学校度过的。所以加强学校的管理和监督机制，采用合适的心理辅导方法尤为重要。
首先，作为学校应该充分利用假期、召开留守学生家长会，与家长广泛交流，使学校内外对留守儿童的心理影响产生合力效应；重视留守儿童的思想道德建设，利用生动有趣的课外活动，不断提高他们法制道德观念，培养健康积极向上的心理状态；强化留守儿童心理健康教育，在留守学生人数众多的学校，建议成立心理咨询辅导中心，开展心理卫生调查、开设心理辅导活动课程，帮助指导他们解决各种困惑和疑难，对其显性和隐形的心理压力进行疏导，引导他们走过人生的关键时期，帮助其和谐健康发展。
其次，作为老师，应当多采用家访的形式，特别是那些留守学生，深入的了解他们的生活状况和心理动态，针对性的进行心理辅导；同时，在班上应该鼓励和支持这类学生多发言，对于其取得的成绩给予公开的表彰，让其产生自信的心理。还要提倡同班同学多与他们交流，一起学习，一起玩耍，改善孤僻、内向等性格。
最后，从同学的角度上，采用“一对一”的帮扶制度。要让同学们互相帮助，有什么心里想法可以相互之间交流。同龄人之间是没有什么顾忌的，也只有这样：相互影响、相互学习，才能促进共同进步，帮助那些留守学生找到自己的位置，恢复往日活泼开朗的本性。