1、咽鼓管功能障碍一般认为此为本病的基本病因。
（1)机械性阻塞：如小儿腺样体肥大、肥厚性鼻炎、鼻咽部肿瘤或淋巴组织增生、长期的鼻咽部填塞等均可直接堵塞咽鼓管咽口，影响咽鼓管咽口的开放。
（2)功能障碍：即咽鼓管开闭的肌肉收缩无力；咽鼓管软骨弹性较差，当鼓室处于负压状态时，咽鼓管软骨段的管壁容易发生塌陷，儿童咽鼓管短而宽，近于水平位，因此鼻咽部的感染易扩散至中耳，此为小儿分泌性中耳炎发病率高的解剖生理学基础之一。腭裂病人由于肌肉无中线附着点，失去收缩功能，故易患本病。
2、急性中耳炎时抗生素使用不当，如剂量不足，疗程不够，或细菌对药物有抗药性等，使炎症迁延不愈。
3、感染：过去曾认为分泌性中耳炎是无菌性炎症。近年来的研究发现中耳积液中细菌培养阳性者约为1/2-1/3，其中主要致病菌为流感嗜血杆菌和肺炎链球菌。
4、免疫反应：小儿免疫系统尚未完全发育成熟，这可能也是小儿分泌性中耳炎发病率较高的原因之一。
5、其他：分泌性中耳炎在患感冒或其它上呼吸道感染的儿童中很常见；平卧位喂奶、接触其他患上呼吸道感染的孩子、被动吸烟等因素都可以增加儿童患分泌性中耳炎的可能。