遗传因素
双生子研究显示，自闭症在单卵双生子中的共患病率高达61%～90%，而异卵双生子则未见明显的共患病情况。在兄弟姊妹之间的再患病率，估计在4.5%左右。这些现象提示自闭症存在遗传倾向性。
儿伤
包括在怀孕期间窘迫性流产，生产过程中早产、难产、新生儿儿伤，以及婴儿其因感染儿炎、儿膜炎等疾病造成儿部伤害等因素，都可能增加自闭症机会。
新陈代谢疾病
如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍，造成儿细胞的功能失调和障碍，会影响儿神经讯息传递的功能，而造成自闭症。
孕期理化因子刺激
受孕早期孕妇若有反应停和丙戊酸盐类抗癫痫类药物的用药史以及酗酒等，可导致子代患自闭症的机率增加。
感染与免疫因素
早在20世纪70年代末就有研究发现，孕妇患病毒感染后，其子代患自闭症的机率增大。后来数个研究均提示，孕期感染与自闭症发生可能有一定的关系。