试管婴儿技术使用过程中，需要使用促排卵技术，常常会刺激多个卵泡同时发育。如果同时发育的卵泡数目过多，如超过30个，就会造成卵巢过度刺激综合征，即出现腹胀、腹水、尿少等症状和体征。
这是由于部分女性对促排卵药物过于敏感等原因所致。卵巢过度刺激综合征是能自愈的疾病。多数女性不需要特殊治疗，只有极个别患者需要住院治疗，愈后良好。近年来，随着临床方案逐渐优化、促排卵药物使用剂量的减少，这一现象也在逐年减少。试管婴儿技术的另一个副作用就是多胎妊娠了。多胎妊娠除了在孕期加重孕妇的身体负担外，还容易出现早产、流产以及各种产科并发症，给女性的身心带来创伤。但随着单胚胎移植的日益成熟，这一情况将会日渐减少。
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