日本在疫苗接种问题上经历了一个由强制到自愿的过程。过去，日本婴儿出生后2个月就要注射一系列疫苗，预防天花、脑膜炎、肺炎和流感等。但曾存在管理漏洞，并被逐利的医药公司所利用，让一些有问题的疫苗通过审查投入使用，结果导致一些人因为接种问题疫苗染上了乙型肝炎等。受害者们联合起来，将当时的政府部门负责人和科研机构告上了法庭，从而迎来了日本疫苗管理新规定的出台。
如今，日本疫苗接种以自愿为原则。对于疫苗的检测则非常严格，必须由多家科研机构和临床试验都证明安全有效后，再投入使用。日本厚生劳动省会召开确保疫苗安全对策会议，制定出如何降低疫苗副作用的方针，并在疫苗进入市场后，进行跟踪调查再次确认其安全性。1996年，日本政府又修改了《药剂法》，规定疫苗接种相关部门有义务遵守医药品实验标准，并在药物上市后继续收集相关信息并上报。
日本还制定了一套应对疫苗等药物突发事故的对策。1994年和1999年，日本《预防接种法》两次就国家责任部分作出修改，采取结果责任原则，规定无论过失如何，只要厚生劳动大臣能认定损害发生是由预防接种导致的，都应给予受害者一定补偿，包括医药费、住院津贴、残疾儿童养育补助或残疾人补助、一次性死亡补助、丧葬费等。从而，最大化地保障日本民众的利益。
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