水果玉米是传统育种技术的产物，和转基因技术没关系。当然，经过转基因技术改造，以增强抗虫抗除草剂特性的甜玉米确实有，但是并没有被批准在中国种植。目前我们在国内买到的水果玉米不大可能是转基因甜玉米。
这样“与众不同”的水果玉米是怎么得到的呢？水果玉米并不是最近才有的新作物，它的真正起源时间虽然无法考究，但有文献记载的最早的甜玉米品种是1779年欧洲殖民者从美洲的易洛魁人那里收集到的Papoon玉米，据此可以肯定甜玉米的出现时间可能还要更早。在那个时候，还没有转基因这一说法，更不要说是转基因的技术了。
现在的甜玉米品种虽然和几百年前的不完全相同，但它在自然突变的水果玉米品种的基础之上，通过传统杂交的办法培育出的新的甜玉米品种，并不是转基因的产物。最近几年，与甜玉米有关的几个基因序列和与其关联的分子标记都已经被找到，育种家还可以依靠分子标记辅助选择技术来加快育种进程。这些育种技术并没有涉及到转基因的技术，通过这些方法培育出来的甜玉米都不是转基因玉米。很多人因为甜玉米的甜味不同于普通玉米，就认为甜玉米是转基因技术培育的，这种想法是错误的，玉米自己的基因突变也会产生不一样的性状。
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