母乳中的蛋白质是不可能人工合成的，也绝对买不到，每一种都对宝宝有好处。牛奶、奶粉和母乳中都含有两种主要的蛋白质：乳清蛋白和酪蛋白。乳清蛋白性质温和，容易消化，也容易被宝宝的肠胃吸收。酪蛋白就是奶中凝结成块的蛋白质，不容易被人体的肠胃吸收。
母乳中大部分都是乳清蛋白，而牛奶和配方奶粉中最多的是酪蛋白。宝宝的肠胃喜欢母乳中的乳清蛋白，因为它们容易吸收，而且消化快，不会产生抗拒。对于牛奶或者配方奶粉中的酪蛋白，宝宝的消化系统需要付出更多的努力才能消化这种凝结的蛋白质。
除了乳清蛋白之外，母乳中还含有其他一些牛奶或奶粉中没有的蛋白质，比如牛磺酸、乳铁蛋白。牛磺酸能促进宝宝大脑和神经系统的发展。乳铁蛋白是母乳中独有的蛋白质，不仅能像货轮一样把乳汁中的铁运到宝宝的血液里，还能保护宝宝肠胃里的有益细菌。有益的细菌会做一些有益的事情，比如制造维生素。对有害的细菌，如果不加控制，它们会在宝宝肠道里肆虐，导致发生腹泻等疾病。除了抑制有害细菌外，乳铁蛋白还能防止假丝酵母菌的大量滋生，假丝酵母菌会产生毒素。
母乳中还有一种天然的抗生素，叫溶菌酶，是一种能抵抗有害细菌的特殊蛋白质。母乳中的核苷酶也是一种很有用的蛋白质，这种蛋白质会让人体组织长得更强壮，就像钢筋中的强化成分一样。核苷酶还可以促进小肠绒毛的生长，让肠胃系统更健康，还能保护肠内有益的细菌，消除有害的细菌，从而维持宝宝肠道生态平衡。
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