一、微生物的净水作用
水体中的有益细菌和有益单细胞藻类，是水体净化最普通而又最有效微生物，对鱼缸底质的改良与修复效果十分明显。如果人为加入大量的有益微生物或者大量促进水体原有的微生物繁殖生长，就有可能对养殖多年的鱼缸进行有效的修复，以恢复到水产养殖的理想生态环境。鱼缸底质多以胶凝粒子存在，各种有机物、营养盐、微量元素大多以络合体凝集在一起，不易释放到水体中。结果一方面鱼缸底质不能被分解越积越多另一方面水体有益菌、藻类没有足够的养分而不能大量繁殖，水体无法进行有效净化和生态循环。
根据老化鱼缸底质的这一特点，如果人为加入适量的高活性剂一生化黄腐酸和大量的多种有益功能菌来修复鱼缸底质，利用生化黄腐酸的激活和氧化作用，使水体缓慢释放各种营养物质，添加进去的有益菌和鱼缸原有的有益细菌和藻类就有足够的营养生长繁殖，以达到净化水质和分解底质修复水体环境的目的。由于养分的释放缓慢而不会过量，水体没有过多的养分，有害菌、藻无法与有益菌、藻类竞争而受到抑制，不会过度滋生而使水质恶化。
二、微生物的种类
1、土著微生物
是在当时当地水源水域中土生土长的微生物，在水中或固着在生物包的填料上形成生物膜，是在自然状态下形成的。
传统的生物包不是利用人工培育的微生物，而是对自然生长的微生物群体加以驯化、自然选择繁殖利用。这类微生物包括细菌、真菌、藻类、原生动物和相应的分解污染物的酶体系。
土著微生物，如活性污泥，最大的问题是只降解碳系污染物有效，而对氮系污染物的作用不大。光合细菌也是水中土著菌，它能降解BOD的含碳废水，去除率98%，但对总氮的去除率仅为66.7%，比活性污泥略好，但不能解除人造水体的氮系污染物。
2、外来微生物
在自然界中，能有效降解水体中碳、氮、磷、硫系污染物的高效菌株生长在土壤中，因为那里有它们所需要的氮、磷、钾及其他必需的营养元素。而自然界的海、淡水原来未受污染，缺乏这些营养元素，就很少有这些细菌生长，对水体来说，它们都是外来菌，如氨化细菌、硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌和纤维素分解菌，大多是好氧和兼性厌氧菌。
从自然界严格分离筛选出的多种高效广普微生物，再经过互补、共生机制培育，是净水功能倍增。把它接种到生物包上，由于微生物之间的共生、竞争、排斥、偏害、拮抗，会受到土著微生物的攻击，因此需要用大量的外来菌才能形成优。一般水体（湖水）每毫升有细菌1000个到100万个，外来菌就应有10亿到1000亿个，过几天就加一次营养液，并增加水中的溶氧量，搅拌水体，才能形成优势种群。
也可采取先将原来土著微生物全部杀灭，3天后再加接外来有益菌群。这类微生物已广泛运用于水族馆、工业化育苗厂、豪华型水族馆。
水族馆、养鱼厂等人造水体可以做到无土著菌，而把外来有意净水菌培养成那里的土著菌。一旦它们成为人造水体的当家菌和物质循环的主要微生物，就能使人造水体维持生态平衡，养鱼就可以终年不换水，不用药。
净水外来菌主要是芽孢杆菌。它是土壤中的优势种群。它耐热、耐寒、耐压，可以在干燥状态下长期保存，在好氧厌氧条件下均能生存。它们中除个别菌种为病原菌外，绝大部分都是对动植物无害的腐生菌。它们具有很强的分解碳系、磷系、硫系污染物，分解蛋白质和复杂多糖的能力，对水溶性有机物分解也起着重要的作用。由于它的特性与功能优于光合细菌而成为光合细菌的替代产品。国外许多生物工程企业将它从土壤中分离出来，引入水体中，成为目前国际净水界的新宠。
微生物制剂和生物肥料以其天然、无毒、无副作用、无污染、无残留和价廉、高效、安全可靠的优越性，正在被广泛的推广应用于生产和饲养，成为观赏鱼健康和高效养殖的一个重要保障。
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