新西兰兔的饲养中，每天都要做的就是环境的消毒，每天常规的消毒、出栏后的清洗消毒、饲养场废料的有机处理，每一步都关系到阻隔饲养场的疾病传播，消毒的方法有很多种，可以根据情况具体的来进行选择。
一、物理消毒法
1.清扫、冲刷、擦洗、通风换气；此类为机械性的消毒法，是最常用、最基础的消毒法，简单易行。机械性消毒并不能杀灭病原体，但可大大减少环境中的病原体，有利于提高消毒方法的消毒效果，并可为家兔创造一个清洁、舒适的环境。
2.阳光曝晒有加热、干燥和紫外线杀菌三个方面的作用，有一定杀菌能力。在日光下暴晒2~3小时可杀死某些病原体，此法适用于产箱、垫草和饲草饲料等物的消毒。
3.紫外线灯照射：紫外线灯发出的紫外线可杀灭一些微生物。主要用于更衣室、生产区入舍通道等的消毒，一般照射不少于30分钟；
4.煮沸：煮沸30分钟，可杀灭一般微生物。适用于注射器、针头及部分金属、玻璃等小器械用具的消毒。
5.火焰消毒：这是一种最彻底而又简便的消毒法；用喷灯(以汽油或液化气或酒精为燃料)火焰直接喷烧笼位、笼底板或产箱，可杀灭细菌、病毒和寄生虫。
二、生物热消毒法
是利用土壤和自然界中的嗜热菌，来参与对兔粪尿及兔舍垃圾(饲草、饲料残渣废物)的堆肥发酵，利用其产生的大量生物热来杀灭多种非芽胞菌和球虫等寄生虫的消毒法；
三、化学药物消毒法
是利用一些对人、畜安全无害，对病源微生物、寄生虫有杀灭或抑制作用的化学药物进行消毒的方法。此法在家兔生产中广为使用，不可缺少。理想的消毒剂应对人、兔无毒性或毒性较小，而对病源微生物有强大的杀灭作用，且不损伤笼具物品，易溶于水，价廉易得。
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