有许多人会被海水稻这个名字给误导，以为这种稻子可以直接用海水灌溉，但是其实不然。
以青岛种植的“海水稻”为例，据青岛媒体去年9月报道，灌溉用水盐度达到了6‰，相关负责人称，这在“海水稻”种植历史上算是很高的盐度。
而水源不是用海水直接浇灌，而是从距离基地100米的海边引水，引至基地设有的沉淀池和调节池内。沉淀池把海水中的杂质沉淀，调节池按一定比例调配。
中科院海洋研究所盐碱环境与盐碱农业项目负责人邢军武表示：远在数千年前，中国人已在盐碱地栽培水稻并取得优异的成就，但之所以能够在盐碱地栽培水稻并获得丰收，主要是依靠发达充沛的水利设施与淡水资源。事实上，只要有充足的淡水，任何盐碱地都可以栽培水稻。
除了名字的误导性，海水稻的生产模式也是遭到了质疑。
邢军武表示，“海水稻”实际是采用在淡水中掺海水的方式勾兑出所需要的盐度，而众所周知，我国淡水资源尤其是北方地区极其贫乏，某地连引入的黄河水都已经不能支持城市生活和工农业需求，在此背景下，再将极其珍贵的淡水掺杂进所谓1/8或一半的海水，必然使来之不易的淡水资源受到海水污染，由此造成海水入侵和次生盐渍化扩散，对周边水源和农田构成持续的环境危害。
耐盐育种可以节省盐碱地种稻灌水少部分的成本，确实是一项先进的科技成果。
但发展盐碱地种稻，切不可忽视大量淡水灌溉洗盐这一最基本的条件，耐盐育种仅是一项配套的措施。对发展盐碱地种稻，切不可因有了“海水稻”而过分乐观。
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