近亲结婚，由于双方有共同的祖先，相同的基因（包括正常的和异常的）很多，而且亲缘关系越近，相同的基因越多，其子代成为纯合子的机会就越大。我们每个人平均带有6~10个有害基因，这些基因多为隐性，在杂合（一对等位基因，一个是正常的，另一个是隐性致病基因，称为杂合）状态下，一般危害不大。
一旦与带有相同有害基因的人婚配，双方就有可能将相同的有害基因同时传递给子女，使子女成为隐性有害基因的纯合子而呈现疾病。亲缘关系越近，其子女患病的可能性也越大。目前已发现多种遗传病，如先天性耳聋、小头畸形、脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫、半乳糖血症等，在近亲婚配的子女中发病率相当高。这些患儿的出生，不仅给家庭带来了沉重的精神、经济负担，而且还影响到整个民族的人口素质。这些疾病在治疗上都是很困难的，所以唯一的方法就是禁止近亲结婚，防止患儿出生，减少发病率。
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