慢性乙型肝炎治疗的总体目标是：最大限度地长期抑制或消除HBV，减轻肝细胞炎性坏死及肝纤维化，延缓和减少肝脏失代偿、肝硬化、HCC及其并发症的发生，从而改善生活质量和延长存活时间。
（一）抗病毒治疗的一般适应证一般适应证包括：
①HBeAg阳性者，HBV—DNA≧105拷贝/ml（相当于20000IU/ml）；HBeAg阴性者，HBV—DNA≧104拷贝/ml（相当于20xxIU/ml）；
②ALT≧2×ULN；如用IFN治疗，ALT应≦10×ULN，血清总胆红素应﹤2×ULN；
③ALT﹤2×ULN，但肝组织学显示KnodellHAI≧4，或炎性坏死≧G2，或纤维化≧S2。
在开始治疗前应排除由药物、酒精或其他因素所致的ALT升高，也应排除应用降酶药物后ALT暂时性正常。在一些特殊病例如肝硬化或服用联苯结构衍生物类药物者，其AST水平可高于ALT，此时可将AST水平作为主要指标。
（二）IFNα治疗我国已批准普通IFNα（2a、2b和1b）和聚乙二醇化干扰素α（2a和2b）[PegIFNα（2a和2b）]用于治疗慢性乙型肝炎。
荟萃分析结果表明，普通IFN治疗慢性乙型肝炎患者，HBeAg血清学转换率、HBsAg消失率、肝硬化发生率、HCC发生率均优于未经IFN治疗者。有关HBeAg阴性患者的临床试验结果表明，普通IFNα疗程至少1年才能获得较好的疗效（Ⅱ）。
国际多中心随机对照临床试验结果显示，HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者（87%为亚洲人），PegIFNα—2a治疗48周，停药随访24周时HBeAg血清学转换率为32%；停药随访48周时HBeAg血清学转换率可达43%。国外研究结果显示，对于HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者，应用PegIFNα—2b也可取得类似的HBV—DNA抵制率、HBeAg血清学转换率和HBsAg消失率。
对HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者（60%为亚洲人），用PegIFNα—2a治疗48周，停药后随访24周时HBV—DNA﹤104拷贝/ml（相当于20xxIU/ml）的患者为43%，停药后随访48周时为42%；HBsAg消失率在停药随访24周时为3%，停药随访至3年时增加至8%。
（三）核苷（酸）类药物治疗目前已应用于临床的抗HBV核苷（酸）类药物有5种，我国已上市4种。分别是：拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、替诺福韦酯，其中替诺福韦酯在我国尚未被批准上市。
（四）其它治疗
1、免疫调节治疗：胸腺肽和α胸腺素在急慢性乙肝中常用，可调节机体免疫。
2、中药及中药制剂治疗：保肝治疗对于改善临床症状和肝功能指标有一定效果。
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