口腔溃疡的病因比较复杂，许多不相同的病因，引起了相同的口腔溃疡表现。临床上常根据不同诱因，分别作出治疗，以达到治愈目的。在家庭中也应考虑口腔溃疡的病因总结治疗经验，或在医生指导下获得治疗效果。
口服维生素B/C可增进机体的抵抗力，有助于溃疡愈合。
疼痛明显，溃疡较多，间歇期较短的可试用左旋咪唑，转移因子或胸腺素等免疫调节药物治疗，亦可使用糖皮质激素，如强的松治疗。此外，全身其他治疗也很重要，如给予镇静、安眠、调节神经及消化道功能的药物。发病时应避免吃刺激性食物，最好戒烟、酒等。
在溃疡上涂擦止痛、消炎的药物，可防止继发感染，减轻症状。
如用5%金霉素鱼肝油糊剂；1%氯化可的松或强的松糊剂；中成药如冰硼散、锡类散、养阴生肌散等，均可选择使用。但不宜用石炭酸类或硝酸类银烧灼溃疡，以免损伤健康的组织。
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