治疗新生儿胎粪吸入综合症要从生产过程开始。当宝宝的头娩出时，医生在婴儿第一次有效呼吸之前，尽快从鼻子和口腔中吸出胎粪。接下来医生还会进行肺部听诊，一次血液检查，也称为血液气体分析，看婴儿是否吸入足够的氧气；胸部x光还可以显示出胎粪吸入婴儿的肺部情况。技术熟练的医生应对所有分娩时有胎粪污染并出现窘迫的新生儿，立即进行气管插管和吸引，这已经得到公认。医生会根据症状的轻重程度来采取相应的措施。
1、进行产房复苏。如果胎儿吸入胎粪，治疗应立刻开始进行。产房备有各种复苏设备，医生会在胎儿第一次有效呼吸之前，尽快从其鼻子和口腔中吸出胎粪。
2、对症治疗。医生应随时监控患儿的病情，根据情况的严重程度给予吸氧或呼吸机辅助呼吸治疗及药物治疗，发现并发症会及时采取措施。
3、结合医学检查。在胎粪吸入综合症的治疗过程中，还要结合各种医学检查，如肺部听诊、血液气体分析、胸部x光等，以帮助确诊。
4、环境要求。患有胎粪吸入综合征的宝宝对生存环境的要求也比较严格，必须具有一定温度和湿度，这种条件通常也只有医院能够提供。通过治疗后，患儿一般不会有后遗症，但重症患儿有发育畸形和失聪的危险。
5、间断拍击胸部并作气管内吸引和吸入空气或氧气，能稀释和去除吸入气道内的胎粪，严密监护这些婴儿是否产生呼吸窘迫和低氧血症是必要的。呼吸支持是根据肺炎的严重程度来决定的；其不同形式可以是支持性护理和胸部理疗，或通过机械通气供氧。
因为胎粪可促使细菌生长，而且也不能排除细菌性肺炎，应作血培养和气管内吸出物培养，同时开始使用抗生素(氨苄青霉素和氨基糖苷类)治疗.