病情轻重程度相差很大，一般年长儿较轻，婴幼儿时期则重症较多。
1.潜伏期多为2～3天或稍久。
2.轻症只有鼻部症状，如流清鼻涕、鼻塞、喷嚏等，也可有流泪、轻咳或咽部不适，可在3～4天内自然痊愈。如感染涉及鼻咽部，常有发热、咽痛、扁桃体炎及咽后壁淋巴组织充血和增生，有时淋巴结可轻度肿大。发热可持续2～3天至1周左右。在婴幼儿常易引起呕吐和腹泻。
3.重症体温可达39～40℃或更高，伴有冷感、头痛、全身无力、食欲锐减、睡眠不安等，可因为鼻咽部分泌物引起较频繁的咳嗽。咽部微红，发生疱疹和溃疡时称为疱疹性咽炎。有时红肿明显波及扁桃体，出现滤泡性脓性渗出物，咽痛和全身症状加重，鼻咽部分泌物从稀薄变成稠厚。颌下淋巴结显著肿大，压痛明显。如果炎症波及鼻窦、中耳或气管，则发生相应症状，全身症状也较严重。要注意高热惊厥和急性腹痛，并与其他疾病作鉴别诊断。急性上呼吸道感染所致高热惊厥多见于婴幼儿，于起病后1天内发生，很少反复发生。急性腹痛有时很剧烈，多在脐部周围，无压痛，早期出现，多为暂时性，可能与肠蠕动亢进有关;也可持续存在，有时与阑尾炎的症状相似，多因并发急性肠系膜淋巴结炎所致。
4.急性扁桃体炎是急性咽炎的一部分，其病程和并发症与急性咽炎不尽相同，因此可单独作为一个病，也可并入咽炎。由病毒所致者有时可在扁桃体表面见到斑点状白色渗出物，同时软腭和咽后壁可见小溃疡，双侧颊黏膜充血伴散在出血点，但黏膜表面光滑，可与麻疹鉴别。由链球菌引起者，一般在2岁以上，发病时全身症状较多，有高热、冷感、呕吐、头疼、腹痛等，以后咽痛或轻或重，吞咽困难，扁桃体大多呈弥漫性红肿或同时显示滤泡性脓性渗出物，患者舌红苔厚。如治疗不及时，容易发生鼻窦炎、中耳炎和颈部淋巴结炎。
5.病程轻型病例发热时间自1～2天至5～6天不等，但较重者高热可达1～2周，偶有长期低热达数周者，由于病灶未清除，需较长时间才能痊愈。应注意下列几方面：
1.流行情况了解当地疾病的流行情况对诊断和鉴别诊断均有帮助。患某种急性上呼吸道感染时，不但患者症状相似，其并发症也大致相同。
2.临床特点全面体格检查以排除其他疾病。观察咽部包括扁桃体、软腭和咽后壁，如扁桃体及咽部黏膜明显红肿，咽后壁淋巴滤泡增生，婴幼儿时期的急性上呼吸道感染往往以突然高热，甚至发生高热惊厥为突出表现，同时有呕吐、腹泻等，较长儿童以鼻咽炎症状为主，表现接近成人，但常伴有腹痛。
3.血象发热较高，白细胞较低时应考虑常见的急性病毒性上呼吸道感染，并根据当地流行情况和患儿的接触史排除流感、麻疹、疟疾、伤寒、结核病等。白细胞持续增高时，一般考虑细菌感染，但在病毒感染早期也可以高达15×109/L左右，但中性粒细胞很少超过75%。白细胞特别高时。应排除细菌性肺炎、传染性单核细胞增多症和百日咳等。急性咽炎伴有皮疹、全身淋巴结肿大及肝脾肿大者，应检查异常淋巴细胞，除外传染性单核细胞增多症。
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