美国食品药品管理局对处方类药物进行了分类，这主要是基于近期的研究而得来。食品药品管理局分类最主要的用途，在于判断药物是在所有情况下都绝对不能使用，还是虽然会增加先天缺陷的风险，但仍然有很大的益处，比如某些抗癫痫药物。
食品药品管理局分类包括ABCDX五类。它们分别被食品药品管理局定义，并被药物制造商在说明书中特别标明孕妇的用法。分类的名单收录在内科医生案头参考(PDR)中。
A类：安全
在女性中进行的对照研究发现，第一个三月期内使用这些药物不会对胎儿造成任何危险，也没有证据表明在随后的怀孕过程中会有什么影响。这类药物基本对于胎儿没有任何危险（除了维生素以外，没有太多药物属于此类。而如前面饮食指导中所述，很多维生素如果服用过量，也是有毒性的）。
B类：基本安全
动物试验证明无风险，但还没有在人类中进行对照试验；或者动物试验出现过不利结果，但没有被人类对照试验所证实。
C类：也许安全
动物试验明确得到不利结果，但没有人类试验；或者根本没有动物或人类试验。这种药物只有在益处远远大于其可能对胎儿的风险时，才应该使用。
D类：少数情况下安全
有证据表明，这类药物对人类胎儿有危险，但对于某些孕妇来说，其益处要大于风险。换言之，就是这类药物所治疗的疾病，如果不治疗就会造成严重的后果。这时医生和患者就应该把这类药物判断为利远大于弊。
X类：不安全
动物和人类试验均证明会造成胎儿异常，或者根据经验知道会对胎儿造成风险。风险要明显大于所有可能的益处。对于怀孕或即将怀孕的女性来说，这类药物是禁用的。
很多会造成先天缺陷的药物，对于发育的胎儿来说，副作用时间其实很短。四环素就是一个很好的例子。尽管所有人都知道怀孕期间不能使用这种抗生素，但在第一个三月期之后，它实际上是没有危害的。
那些被列为致畸物质的抗癫痫药物，尽管可能对胎儿有一定的风险，但其对母亲的健康是至关重要的。因此尽管它们有可能被归为D类，但决不会是X类。