引起三个月宝宝睡觉摇头的原因如下：
1、有时婴儿吃得过饱，造成腹部不舒服；或吃得不够，感到饥饿，也会哭闹不睡。如属这种原因，应该不断摸索规律，使婴儿吃得适量，不要过饱或过饥。
2、如果尿布尿湿了没有及时更换，或衣服过紧、被子太厚，使婴儿感到不舒服，他也会通过哭闹不睡表示“抗议”。因此，应尽量给婴儿穿宽松、柔软的衣服睡觉，被子厚薄要适宜。尿布湿了应及时更换。
3、检查一下婴儿身上是否被蚊虫叮咬或是否有湿疹，因为这会使他皮肤瘙痒难忍，尤其夜间安静时较为明显。婴儿不会表达，只能靠哭闹不睡来引起父母注意。
4、给宝宝查一下微量元素，缺钙也可以出现这样的症状。
5、腹部着凉出现腹痛也可以出现睡眠不好，妈妈注意宝宝腹部的保暖，可以给宝宝穿一个小肚兜。
6、宝宝受到惊吓，可以口服点小儿惊风散。
当婴儿哭闹不睡时切忌不找原因，只是通过又抱、又拍、边走边哄勉强使其入睡，经常如此，将会养成不良的睡眠习惯。而且由于这样做并未去除影响婴儿睡眠的根本原因，使婴儿得不到很好的休息，日久将会影响婴儿的健康。
三个月宝宝睡觉摇头的话，要及早发现，并且还要知道其中的原因，不能够让自己的宝宝的健康出现问题，睡觉的时候出现摇头的症状是不正常的，所以需要非常注意这样的问题。如果有不懂的问题的话，建议还是要尽早询问医生。