小儿营养不良可分为消瘦型和浮肿型两种。消瘦型营养不良是由于总热量、蛋白质和各种营养素均缺乏引起。浮肿型则是小儿热量接近需要量，但由于蛋白质严重缺乏，所以当血清白蛋白下降至25克／升以下时，小儿会出现水肿，这在医学上称为营养不良性水肿。
消瘦型营养不良轻症小儿会见皮下脂肪减少，肌肉松弛。重症的还会有各种内脏萎缩，全身各系统、器官均发生病理性改变的。如身体肌肉体积减少，细胞密度增加，细胞变性；肝脏发生脂肪浸润而呈脂肪肝；胰腺泡萎缩等。其次，长期营养不良的患儿，胰脂酶、胰蛋白酶、α-胰淀粉酶含量会降低；肠道表面细胞会萎缩，绒毛结构会发生退行性病变，肠壁变薄，粘膜皱壁消失，甚至脑神经细胞也会减少，脑内类脂、胆固醇和磷脂含量都会降低，有退行性变化，可出现脑电图改变。其他脏器，如心肌纤维则会混浊肿胀，淋巴组织和胸腺会显著萎缩等。
消瘦型营养不良在婴幼儿临床上，则首先可表现为体重下降、身长不增，以后体内脂肪逐渐消失，逐渐消瘦，体重减轻。皮下脂肪的消耗顺序可首先是腹部，之后躯干、臀部、四肢，最后面部。当面颊脂肪垫消失时全身则可消瘦如老人。同时，消瘦型营养不良患儿除消瘦外，还可表现为皮肤苍白、干燥、松弛和失去弹力，肌肉松弛、萎缩，肌张力除偶见增强外，一般情况下表现低下，运动功能发育也见迟缓。这时，重症患儿体温还会偏低，精神会萎靡不振，活动少，有时还可表现烦躁不安，食欲低下以至消失，易发生腹泻，并可出现脱水、酸中毒等症状。另外，患儿这时也可出现有关维生素缺乏症的特殊症状，如结膜干燥、口角糜烂等。
消瘦型营养不良患儿3岁以后发病的，某些患儿身高虽属正常而体重低下。有些还有皮下脂肪变薄，肌肉松弛，易疲劳、睡眠易醒，对脂肪耐受力低和常有中度贫血等症状。
另外，根据体重、脂肪丢失程度，还可将婴幼儿营养不良分为三度，三度的标准是：工度：体重比标准体重低10%～25%，仅腹部脂肪变薄；Ⅱ度：体重比标准体重低26%～40%，臀部脂肪也变薄；Ⅲ度：体重比标准体重低40%以上，臀部、面部脂肪几近消失。此外也参考其他症状，如精神萎靡、肌肉松弛、皮肤弹性差等。这类婴幼儿可因营养不良的程度不同而有轻重不同的表现。
此外，3岁以后的小儿营养不良可以分为轻度和重度。轻度营养不良小儿体重低于标准体重的15%～30%，重度为30%以上。同时也考虑皮下脂肪厚度、肌肉结实度、精神状态等。
浮肿型营养不良小儿则多见于以淀粉类食物喂养的小儿，这类小儿轻者表现虚胖，重者伴有水肿。水肿一般先见于下肢，呈凹陷性，渐及腰骶部、外生殖器和手背。而胸、背、上肢常消瘦。严重的患儿还可有腹水及胸腔积液，皮下也可积液，皮肤紧张发亮。此外，这类患儿尚有其他营养不良的表现，如体格发育迟缓，精神呆滞、易激惹，皮肤干燥苍白、脱屑、色素沉着、有紫癜，易患褥疮或营养性溃疡，毛发也干燥易脱落，肌肉较松弛等。