黑白木耳所含成分大致相近，均含蛋白质、脂肪、碳水化合物、纤维、胶质及含有磷、铁、钙、镁、钾、硫及钠等。
黑木耳具有滋养、益胃、活血、润燥之功，主治崩漏、痔疮、便秘出血、下痢便血等症。也适用于高血压、便秘及创伤出血等。
白木耳具有生津润肺、滋阴养胃、益气活血、补脑强心的作用，临床上用于肺热咳嗽、咳痰带血、肺燥干咳、胃肠燥热、便秘下血、月经不调以及血管硬化症、高血压等症。
虽然木耳营养丰富，易于制作，是人们公认的美味佳肴。但是，并非多食多益。据《本草经》载，“木耳多生湿地之朽木，味甘、性平、有小毒，生槐树、桑树者为上品，生枫树者不可食。赤色仰生者有毒，采回变色、夜视有光、烂不生虫者亦有毒。”中医认为，由于木耳得阴湿之气，由朽木所生，故有衰精肾之害。精为人生之源，精衰则源截;肾为先天之本，肾衰则本断。
因此，木耳不可不食，但又不可多食，特别是孕妇、儿童食用时更应控制数量。
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