怀孕期不可盲目用药，应谨遵医嘱。以下妊娠期可选用的抗感染药物一般毒性低，对胎儿影响小，但用药前仍然需咨询医生。
(1)青霉素类：该类抗生素的杀菌原理是妨碍细菌细胞壁的合成，而哺乳类动物的细胞无细胞壁，所以青霉素类抗菌药物对人体细胞的毒性最低，有效抗菌浓度的青霉素对人体细胞几无影响；且该类药物对母体肝、肾功能影响小，已证实青霉素类为妊娠期最安全的抗生素。但其缺点是抗菌谱较窄对细菌产生的β-内酰胺酶不稳定，易产生耐药性，对酸不稳定，不能口服，易出现过敏反应。目前临床应用的新型青霉素制剂已从多方面弥补了这些缺点，例如阿莫西林耐酸且为广谱抗生素；青霉素V钾片耐酸、耐酶，故以上两种抗生素口服制剂应用广泛。其他临床常用的广谱青霉素还有哌拉西林、美洛西林、羧苄西林、氨苄西林等；耐酶青霉素有苯唑西林、氯唑西林等。这里需说明的是近年来由于抗菌药物使用过于频繁，细菌耐药性增加，产酶菌株不断出现并呈增加趋势，β-内酰胺酶抑制剂如克拉维酸、舒巴坦与不耐酶的青霉素组成复合制剂使这些药物对许多产酶菌株敏感，临床常用药物有：氨苄西林／舒巴坦钠（注射）、阿莫西林／克拉维酸钾（注射）、哌拉西林，该类药物动物试验显示没有致畸作用，但尚未以人体做过研究，故不推荐孕妇使用。总之临床应用的半合成的青霉素制剂种类繁多，每一种制剂抗菌谱有所区别，但共同点是无致畸胎作用，治疗量对孕妇及胎儿毒性很小，针对孕妇感染的特点，选用细菌感染敏感的抗菌药物，同时必须询问有无过敏史。
(2)头孢菌素类：该类抗生素在化学结构、理化特性、生物活性、作用原理及临床应用方面和青霉素类相似，故对胎儿的影响也比较小，比青霉素类更为优越的是其抗菌谱广，对酸及各种细菌产生的β-内酰胺酶稳定，过敏反应发生率低。临床上常用的第三代头孢菌素对肾脏有毒性很小，孕妇可以选用，常用制剂有头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶、头孢曲松等。考虑到第一代头孢菌素肾毒性相对高，孕妇应用需有确切适应证；注射用头孢拉定引发儿童血尿的不良反应发生率高，为避免在妊娠期对胎儿的影响，孕期妇女须权衡利弊使用。
(3)大环内酯类抗生素：主要品种有红霉素、交沙霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，为抑菌剂，抗菌谱与青霉素相似，通过与细菌核糖体50S亚基结合而抑制细菌蛋白合成，其突出的药代动力学特性即体内分布能力强，表观分布容积大，药物有极好的趋炎症组织力，但不易通过胎盘屏障进入胎儿体内，对一般细菌引起的呼吸系统感染有较好的治疗效果，对支原体、衣原体、弓形体感染等也有效，特别是治疗社区非典型肺炎为首选药物，本类药物毒性低，变态反应少，是孕期可以安全使用的抗生素（酯化红霉素除外），对青霉素过敏或弓形体、衣原体感染以及上呼吸道感染可选此类药物，阿奇霉素对流感杆菌抑制能力强于红霉素等其他大环内酯类药物。
(4)磷霉素：是一种能与细菌细胞壁合成酶相结合、阻碍细菌利用有关物质合成细胞壁的第一步反应的杀菌抗生素，本品对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)有抗菌作用。注射用磷霉素为一种游离酸，因本品口服能吸收，故有钙盐和二钠盐两种制剂，毒性低，可应用。
(5)林可霉素类：通过抑制细菌蛋白质的合成而起抑菌作用，药物包括林可霉素、克林霉素磷酸酯等，抗菌谱类似大环内酯类，但对支原体作用差，孕期可予应用。
(6)抗真菌药：如克霉唑、两性霉素B、特比萘芬为孕期治疗真菌感染较为安全的药物，利大于弊时可以选用。
(7)抗病毒药：阿昔洛韦、泛昔洛韦属于抑制病毒核酸复制的药物，能透过胎盘屏障，孕妇用药需权衡利弊，为安全起见可选用其外用制剂。