主要原因：
（1）内分泌失调
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
（2）免疫因素
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母--胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。实际上抗体的检测每个医院是不太一样的，医生的观点也不太一样，从我们研究的角度来说，认为影响因素有四个，一个是抗精子抗体，如果要有的话，有可能会抵制精卵结合；第二，是抗子宫内膜抗体，如果存在抗子宫内膜抗体的话，有可能会影响胚胎的发育，抵制胚胎的发育；第三是抗卵巢抗体，如果要有，会影响卵子的质量；第四是叫抗绒毛膜促性腺激素抗体，这个激素实际是精卵结合之后七天就要分泌的一个重要的激素，但是如果自身有这种抗体的话，就会抵制激素的分泌，就有可能造成胚胎的停育。
（3）子宫异常
子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。由于子宫缺陷引起的流产约占10%~15%，常见的有（1)先天性苗勒氏管的异常包括单角子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小，血供受到限制。子宫动脉发育异常可导致蜕膜化不同步和种植异常。（2)宫腔粘连，主要由宫腔创伤、感染或胎盘组织残留后引起宫腔粘连及纤维化。阻碍了正常蜕膜化和胎盘种植。（3)子宫肌瘤及子宫内膜异位症引起血供减少导致缺血和静脉扩张，蜕膜化不同步，种植异常以及肌瘤造成的激素改变也会引起妊娠的失败。（4)先天性或损伤性宫颈内口松弛以及胎内接受乙烯雌酚治疗致宫颈发育异常常致中期妊娠流产。