1、骨疾病性矮小：
骨发育不良引起矮小，包括软骨症、骨形成不全等。
2、内分泌性矮小：
此类疾病主要是内分泌激素分泌异常所致，包括垂体生长激素分泌过少、甲状腺功能低下、性早熟、肾上腺皮质激素分泌过多等。
3、营养、代谢性障碍矮小：
个体患有慢性疾病、营养障碍、尿崩症、糖尿病等。
4、精神社会性矮小：
又称情感遮断性矮小。医学家最近指出，精神障碍可影响身高。
5、伴有染色体异常的矮小：
伴有染色体异常常可表现为矮小，如先天愚型综合征、先天性卵巢发育不全综合征等。
6、其他原因矮小：
包括家族性矮小、体质性青春期延迟症等。
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