孕妇霉菌性阴道炎后首先应注意选择对胎儿毒性小的抗真菌药物。常用的药物有：制霉菌素片剂或米可定泡腾阴道片或栓、克霉唑片（凯妮丁片）、硝酸眯康唑栓（达克宁栓），均可在医师指导下于每晚睡前阴道内塞药。以克霉唑最为安全、有效。外用药膏有克霉唑软膏、达克宁软膏，可以每日涂抹外阴部，同时用清水或中药制剂洗外阴部。孕妇禁止或慎用口服抗真菌药物。
治疗滴虫性阴道炎的首选药物是甲硝唑，俗称“灭滴灵”，经多年的研究和临床观察并未发现对人类胎儿有致畸影响，甲硝唑在孕期应用是安全的。早孕期及孕期患病妇女都可以选择甲硝唑200毫克，每日3次，连续口服7天；或甲硝唑2克单次口服；疗效都很好。也有的医生采用甲硝唑片200～400毫克每日一次睡前阴道内上药，认为全身吸收少，局部药物浓度大，对孕妇及胎儿更安全。至于如何选择用药方法需要医生根据病情斟酌决定。
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