卵巢囊肿最大的危害就是它可能会发生扭转，或是溃破，造成腹膜炎。但是如果是恶性的卵巢囊肿那么会有生命危险的。所以，女性有卵巢囊肿，要及时治疗，避免卵巢囊肿的危害。
怀孕期间如果发现卵巢囊肿，在孕早期可暂时观察，孕中期如果囊肿比较大，生长较快需做手术切除，如果囊肿一直较小，小于5cm可继续观察，可以不做处理。
女性若是在怀孕初期发现卵巢囊肿的话，不必过于担心，是否要终止妊娠，就要看卵巢囊肿是否影响到胚胎发育。
女性在怀孕期间，出现卵巢囊肿一定要做好检查，了解囊肿的情况以及胎儿的发育。若是出现异常，如囊肿增大，或者是胚胎没有发育，应终止怀孕。存在卵巢囊肿的孕妇，不过过于担心，要定期检查，然后根据检查结果，采取相应的措施。
妊娠早期时肿瘤体积较大或嵌顿在盆腔中易引起流产。妊娠中期时增大的子宫将卵巢肿物从盆腔上提到空间较大的腹腔内易于发生卵巢囊肿蒂扭转或分娩后急剧缩小的子宫使盆腔空间增大时，也易引起卵巢囊肿蒂扭转。
尤其畸胎瘤更易发生蒂扭转。临产时卵巢肿物可以阻塞产道而发生梗阻性难产或宫缩和儿头先露部可以压迫肿瘤造成破裂、出血。
因此，一定要做孕前检查，查清盆腔脏器有无异常。如果卵巢囊肿妨碍胎儿就要实行剖腹产，然后再切除肿物。