卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。若囊肿较小，不影响卵巢排卵，就不会影响怀孕。若囊肿占据了整个卵巢，且分泌一些激素，影响到排卵，对怀孕就会有一定影响。
卵巢肿瘤与妊娠很少同时存在。但近年来，因强调妊娠后早期检查（3个月前)，再加上b超的应用，能及早发现没有症状的卵巢肿瘤。当然，患有卵巢囊肿怀孕还是有可能的，那么患上卵巢囊肿的同时怀孕了怎么办好呢？
妊娠晚期如肿瘤较大可引起胎位异常；如果卵巢肿瘤仍留在盆腔，会阻碍胎儿由阴道分娩或因子宫收缩和儿头压迫而破裂。对妊娠分娩的影响决定于卵巢肿瘤是良性还是恶性、所在部位和有无合并症。
其实，在原则上妊娠期发现卵巢囊肿均宜手术治疗，可在妊娠16～20周时手术摘除，因此期间手术不易引起流产；如为恶性应尽早行根治手术，只有年轻望子心切而肿瘤为低度恶性及早期者，可考虑先行单侧附件切除，允许妊娠继续延长到足月分娩。
此外，如一旦合并瘤蒂扭转、破裂和感染，应立即行手术切除。如果妊娠晚期才发现，只要无阻塞产道情况，可待自然分娩后再行肿瘤切除，亦可在剖宫产的同时切除肿瘤。