当病原体通过“特殊”途径传入人体时，例如：飞沫或者直接接触等途径，并在平时悄悄地藏在在扁桃体小窝内，一旦人体因劳累、感冒或其他原因而导致抵抗力下降时，病原体则会抓住时机迅速繁殖从而引发疾病。
扁桃体发炎是常见于咽腔的一种炎症，分为急性扁桃炎和慢性扁桃体发炎两种。目前，致病因主要分为两大类：（1）由积存于扁桃体窝的细菌及其分泌物导致。以链球菌或者葡萄球菌为主。（2）继发于某些急性传染病。例如：猩红热、白喉、流感、麻疹等。
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